Coadyuvar con la Administración General, el proceso de generación, formulación y evaluación de las políticas y estrategias en materia de recursos naturales y del medio ambiente, así como otras políticas institucionales, con la participación de todos los niveles de la organización, instituciones públicas y privadas, intra y extra sectoriales, y de la comunidad, organismos no gubernamentales que conforman el Sistema Nacional del Medio Ambiente.

Funciones

• Formular la política nacional del ambiente y del uso de los recursos naturales, cónsona con los planes de desarrollo del Estado.
• Dirigir, supervisar e implementar la ejecución de la política, estrategias y programas ambientales del gobierno, conjuntamente con el Sistema Interinstitucional del Ambiente y Organismos Privados.
• Evaluar la aplicación de las políticas y la estrategia nacional del ambiente y de los recursos naturales, con el fin de conocer los logros alcanzados y las modificaciones que se deban incluir respondiendo a los cambios que surjan en los diferentes sectores.
• Promover y facilitar la ejecución de proyectos ambientales, según corresponda, a través de los Organismos Público Sectoriales y Privados.
• Formular y proponer los planes y programas institucionales debidamente coordinados y armonizados con las entidades que conforman el Sistema Interinstitucional del Ambiente, según las directrices emanadas de la Administración General.
• Implantar y evaluar los planes, programas y proyectos institucionales, en coordinación con las instituciones públicas sectoriales y las organizaciones privadas vinculadas con la conservación y protección del ambiente.
• Promover la transferencia a las autoridades locales de las funciones relativas a los recursos naturales y el ambiente dentro de sus territorios y apoyar técnicamente a las municipalidades en los temas de planificación, seguimiento y evaluación de la gestión ambiental local.
• Dirigir la elaboración y formulación del Anteproyecto de Presupuesto y el plan anual de actividades de la Autoridad Nacional del Ambiente.
• Establecer mecanismos de coordinación con otras instituciones públicas, que faciliten el intercambio de información técnica - científica, que permitan el desarrollo adecuado de los programas y proyectos en materia del uso sostenible de los recursos naturales, ordenación de la gestión del ambiente y la transformación de la cultura ambiental, que se ejecuten en el país. 
• Organizar y dirigir la elaboración de las estadísticas sobre los productos obtenidos a través de la ejecución de los planes, programas y proyectos dirigidos a la protección, conservación y recuperación del ambiente y del uso de los recursos naturales, entre otros.
• Apoyar en la conducción y coordinación del Sistema Interinstitucional del Ambiente, así como los Consejos Provinciales, Comarcales del Ambiente.
• Diseñar, aplicar y optimizar indicadores confiables y oportunos, a corto, mediano y largo plazo, para la evaluación de la ejecución de los planes y programas anuales de la Institución.
• Elaborar el Informe Anual de la Gestión Ambiental para presentarlo a la Administración General que permita dar a conocer el cumplimiento de los objetivos presentados en la gestión ambiental.
• Elaborar al término de cada período de gobierno,  un informe del estado del ambiente, en coordinación con el Sistema Interinstitucional del Ambiente, de acuerdo con el formato contenido que establezca el reglamento.
• Proponer al Despacho Superior los cambios a la estructura organizativa de la Institución, que asegure el cumplimiento de las políticas, planes, programas y proyectos en materia ambiental y del uso de los recursos naturales.
• Coordinar estudios e investigaciones sobre los recursos naturales y el ambiente que faciliten la formulación y desarrollo de políticas, estrategias y planes, dirigidos a la protección, conservación y recuperación del ambiente, promoviendo el uso sostenible de dichos recursos y el ordenamiento de la gestión ambiental.
• Coordinar la elaboración de los informes sobre el estado del ambiente al término de cada periodo de gobierno o cuando sea solicitado por el Despacho Superior, así como también la memoria de la entidad u otros documentos técnicos que demande el citado Despacho en cumplimiento del artículo 46 de la Ley 41.
• Coordinar el proceso de elaboración, ejecución y seguimiento de los Convenios con instituciones u organizaciones nacionales que se requieran para mejorar y mantener  la optima gestión institucional.
• Ejecutar todas las demás funciones que por ley, reglamentación u otras, le corresponda o se le asigne.